Session: Make get_segment_count() consider all segments

Also changes the type for the getters to uint32_t.

Supply the segment ID when adding samples to optimize trace painting

Use case is as follows:
- Capture 20+ segments with ~500kS each
- Afterwards, enable conversion for a channel

Without this change, the converted logic will be repainted
20++ times because we are only told that new samples were
added but not which segment.

With this change, the logic trace is only painted when we
see that samples were added to the segment we're showing.

Add segment_id to all segment classes

LogicSegment: Don't use new/delete in get_unpacked_sample()

LogicSegment: Limit end in get_subsampled_edges() if needed

This is necessary because there is a race condition between
adding samples and trace repainting.

SignalBase: Don't terminate conversion when there's no data

Instead of terminating, we wait instead.
We do this because SignalBase::on_samples_added() somehow doesn't
reliably see that there's no conversion thread active anymore.
conversion_thread_.joinable() returns true when the thread was
already terminated for whatever reason, resulting in on_samples_added()
trying to notify a non-existant thread.

Implement Trace::ShowLastCompleteSegmentOnly display mode

DecodeSignal: Restructure metadata handling

Instead of handling the metadata separately from the mux/decode segments,
it's much neater to handle both together. Doing this also allows us to
remove the need for query_input_metadata() since we're taking the metadata
from the muxed logic segments.

SignalBase: Implement multi-segment conversion

Finalize segment decoding

View: Fixes related to multi-segment display

DecodeSignal: Mux all segments

Prepare multi-segment protocol decoding ability

DecodeSignal: Allow muxed logic data to be cached

DecodeSignal: Rename some items

Begin PD multisegment support

Move current_segment_ to Trace

Flesh out segment display mode handling

Implement segment display mode handling and update notifications

Don't set SR_CONF_LIMIT_FRAMES to 1

Make it pass desktop-file-validate

https://travis-ci.org/AppImage/appimage.github.io/builds/306921880#L695

DecodeSignal: Make sure bit IDs are always up-to-date

https://www.youtube.com/watch?v=mw6Bd6Hv168 shows what
happens when this isn't done.

Session: Fix mismatched delete operator.

Mismatched free() / delete / delete []
   at 0x4C2D31B: operator delete(void*) (vg_replace_malloc.c:576)
   by 0x1C76D0: operator() (unique_ptr.h:78)
   by 0x1C76D0: ~unique_ptr (unique_ptr.h:268)
   by 0x1C76D0: pv::data::AnalogSegment::append_interleaved_samples(float const*, unsigned long, unsigned long) (analogsegment.cpp:78)
...
Address 0x1d123f70 is 0 bytes inside a block of size 312 alloc'd
   at 0x4C2C97F: operator new[](unsigned long) (vg_replace_malloc.c:423)
   by 0x1C765E: pv::data::AnalogSegment::append_interleaved_samples(float const*, unsigned long, unsigned long) (analogsegment.cpp:78)
   by 0x1AFDD5: pv::Session::feed_in_analog(std::shared_ptr<sigrok::Analog>) (session.cpp:1142)

.gitignore: Don't care about the doxygen-generated files.

Session: Fix mismatched delete operator.

Valgrind reported this here:

Mismatched free() / delete / delete []
   at 0x4C2D31B: operator delete(void*) (vg_replace_malloc.c:576)
   by 0x1C76D0: operator() (unique_ptr.h:78)
   by 0x1C76D0: ~unique_ptr (unique_ptr.h:268)
   by 0x1C76D0: pv::data::AnalogSegment::append_interleaved_samples(float const*, unsigned long, unsigned long) (analogsegment.cpp:78)
   by 0x1AFDD5: pv::Session::feed_in_analog(std::shared_ptr<sigrok::Analog>) (session.cpp:1142)
   by 0x1B043C: pv::Session::data_feed_in(std::shared_ptr<sigrok::Device>, std::shared_ptr<sigrok::Packet>) (session.cpp:1187)
...
 Address 0x1cbf6b90 is 0 bytes inside a block of size 940 alloc'd
   at 0x4C2C97F: operator new[](unsigned long) (vg_replace_malloc.c:423)
   by 0x1C765E: pv::data::AnalogSegment::append_interleaved_samples(float const*, unsigned long, unsigned long) (analogsegment.cpp:78)
   by 0x1AFDD5: pv::Session::feed_in_analog(std::shared_ptr<sigrok::Analog>) (session.cpp:1142)

Rework new segment notification mechanism

Append new segments to the end, not the beginning of the list

Session: Query the device's sample rate when needed, not sooner

DecodeSignal: Remove outdated code and comment

SignalBase: Make sure PDs are restarted when conv options change

TraceView: Properly handle the header resizing events

TraceView: Make header resize state determination reliable

View: Move comment to where it belongs

Adjust trace view header width when signal names change

This change is primarily needed because before, newly
created decode signals had a name assigned to them at time
of the constructor call. This changed, and now the name
is empty upon creation, breaking the previously working
header size adjustment.

DecodeTrace: Reset cached trace properties when decoder stack resets

DecodeSignal: Break up annotation storage to allow multiple segments

Implement showing only the selected segment

Add segment selector UI + helpers

rowdata: Use emplace_back() for Annotation objects.

This should eliminate one unnecessary allocation per annotation.

Rename DecodeSignal::segment_ to logic_mux_segment_ for clarity

Fix #1024 by changing decode channel assigment to PDs

When assigning the decoder stack channels to the libsrd
instance's channels, channels that had no signal assigned
to them were still assigned anyway. This patch fixes this bug.

After doing this, another subtle bug became apparent:
The mapping between channels and bits in the data stream sent
to the PD was done via DecodeChannel->id. This is however
insufficient as the channels of the decoder stack have
IDs that may or may not match the ID needed for the data
stream. Example:

A PD has 4 channels: A, B, C and D. In PV, those channels
have the IDs 0, 1, 2 and 3. If the user only assigns A and D,
Decoder::create_decoder_inst() will use the IDs 0 and 3 as
the bit positions of those signals in the data stream sent
to libsrd. This is obviously wrong.

Hence, we now use a separate bit_id for this purpose.

AnalogSignal: Prevent threshold bg from spilling beyond extents

Implement "show conversion thresholds as dots" mode

Convert threshold display setting to a multi-value choice

AnalogSignal: Make threshold neutral area darker

Session: Rework frame handling

AnalogSignal: Use setting change handler for threshold display

AnalogSignal: Draw analog thresholds differently

Instead of using a patterned region on top of the trace,
show the thresholds by using different background colors
for the individual areas: green/grey/red.

View: Update ruler after restoring session

If we don't do this, the ruler is out-of-sync with the rest
of the view until the session is loaded and goes into stopped
state. At that point, the ruler is updated, which is too late.

SignalBase: Default to dynamic conversion preset, not custom values

The reason for this change is that when you initially select a
conversion from the channel config popup dialog, the threshold
will be set to "0.0V" or "0.0V/0.0V", respectively.
This is of course not what we want and the root cause is that
when no preset is selected, NoPreset is assumed instead of
DynamicPreset. This patch changes this.

Use min/max notification for autoranging of analog signals

Move delayed conversion starter to SignalBase

This way, we can use the same mechanism for changing
min/max as well, preventing multiple successive starts
of the conversion algorithm.
Preventing this is necessary because it makes the UI
stop updating for a significant amount of time, which
we obviously don't want.

Remove SignalBase::A2LChannel

Use identifiers for fixed conversion preset values

Restart min-max-based conversion if min or max change

Fix some random clang-tidy warnings.

Trace view: Make the zero line for analog traces thicker

This is to make it stand out more and make it easily
distinguishable.

Implement graphical display of A2L thresholds

Typo fix: treshold -> threshold

AnalogSignal: Reword "traces to show" option

AnalogSignal: Use pv::data::SignalBase namespace

Implement A2L presets and custom threshold handling

Use getter for the conversion type instead of a local copy

Don't ask me why I used a local copy in the first place,
even I can't figure it out :)

SignalBase: Minor doxygen comments

Trace View: Add doxygen comments to some classes

Improve hover point signaling

Two issues here:
1) it's bad style to have an event handler for an event
that was triggered in the same class
2) supplying the current hover point along with the event
is a sensible thing to do

Remove signal scale handle

It will be replaced by a different mechanism.

TriggerMarker: Don't return "valid" drag point coordinates

Rename ViewItem::point() to ViewItem::drag_point() for clarity

INSTALL/CMakeLists.txt: Bump libsigrokdecode requirement to >= 0.6.0.

PulseView now relies on e.g. the fact that multiple libsigrokdecode
calls from different threads don't cause issues (which has not been the
case prior to libsigrokdecode 0.6.0).

CMakeLists.txt: Bump libsigrokcxx requirement to 0.6.0.

This was already documented in INSTALL, but the check wasn't updated.

Fix the build with ENABLE_DECODE=n.

  pv/dialogs/settings.cpp: In member function ‘QWidget* pv::dialogs::Settings::get_decoder_settings_form(QWidget*) const’:
  pv/dialogs/settings.cpp:218:1: error: no return statement in function returning non-void [-Werror=return-type]

LogicSignal: Make trace height adjustable

Introduce "logic trace height" setting

AnalogSignal: Make div height adjustable

Introduce "default div height" setting

DecodeTrace: Resize trace when hiding/deleting a stacked PD

The trace height depends on DecodeTrace::max_visible_rows_,
which needs to be updated when a stacked PD is hidden or
deleted. In order to do this, we reset max_visible_rows_ to
0 and then request a repaint.

DecodeTrace: Fix trace resizing when new annotation classes appear

Make restack_items() available to all TraceTreeItemOwners

Currently, TTIO:restack_items() is empty and only the
TraceGroup actually implements it. For this reason, decode
traces (and analog traces) are correctly pushing other traces
around when their size changes.
Top-level traces that are not part of a group however aren't
handled properly, simply overlapping when they grow.

This patch makes the code available to all TTIO-derived
classes, allowing all owners (including View itself) to
properly handle this event.

DecodeTrace: Don't show tooltips destined for the header area

DecodeSignal: Don't set name when creating the signal

The thought behind this was to have no unnamed signals because
this may make debugging harder. However, giving the signal a
long name and shortening it when decoders are added isn't working
well. The reason is that the width of the header area can be
expanded programmatically but we don't shrink it because we
don't want to hide things the user may want to see.
This behavior in turn leads to the header width expanding when
a signal labeled "Empty decoder signal" is added, only to see
this very signal be renamed to e.g. "SPI" immediately afterwards.
As we don't shrink the header width, the header is now too wide.

DecodeSignal: Fix flawed PD stack restoration

Before, the libsigrokdecode sessions would be started without
having any channels assigned to it, which of course should be
avoided.

Fix assertions

Fix unit tests

Apply some clang-tidy fixes.

This patch was generated using clang-tidy:

  clang-tidy -checks="-*,..." -fix

The following set of checks was enabled:

  modernize-use-nullptr,modernize-deprecated-headers,modernize-make-shared,
  modernize-redundant-void-arg,modernize-use-bool-literals,
  modernize-use-emplace,modernize-use-equals-default,
  google-readability-namespace-comments,misc-unused-using-decls

Add NOLINT to have clang-tidy (among other tools) ignore some lines
that are not meant to be changed.

DecodeSignal: Auto-assign only the channels of newly added decoders

Before, the channels of all decoders in the stack were auto-assigned,
potentially messing up the configuration the user chose.

SignalBase: Adjust Schmitt-trigger thresholds

Currently, the thresholds are determined by the minimum
and maximum values of a signal. From those, we derive the
high and low thresholds by using a 10% margin to min/max.

However, this approach doesn't work very well when the
measurement includes reset conditions or similar, causing
spikes that raise the min/max significantly.

Example:
sigrok-dumps/i2c/eeprom_24xx/microchip_24lc64/sainsmart_dds120_powerup_scl_sda_analog.sr

This patch changes the thresholds margins to 35%. However,
they are expressed differently: (max-min)/2 is used as the
center line, from which 15% of the amplitude (max-min) is
used as the margin. This way seems a little more intuitive
for me since the percentage given (15) is directly proportional
to the hysteresis.

DecodeSignal: Improve robustness

Make sigrok::Context semi-global and use libsigrok A2L methods

Make get_raw_samples() use provided mem instead of allocating

Until now, Segment::get_raw_samples() was allocating the required
amount of memory and returned it to the caller to use. This way,
there was always enough memory allocated for the data that was
written to that memory location.

However, in SignalBase::conversion_thread_proc() we want to use
one memory location multiple times because we will create several
layers of libsigrok wrapper objects around it. This only works
if Segment::get_raw_samples() uses a given memory location instead
of allocating it by itself.

DecodeSignal: Remove global SRD mutex

libsigrokdecode commit 514b2edc54efda9c6698456748c4256bb901eddd
makes it thread-safe, so PV can now access it whenever it wants,
not needing to care about concurrent access.

Fix #831 by saving/restoring PD options

Fix #888 by incrementing i only once per iteration

Fix #831 by saving/restoring the PD channel mapping

Fix #832 by saving/restoring the decoder stack without settings

Session: Break up add_decoder()

Rename "always zoom-to-fit" to "zoom-to-fit during acquisition"

Fix #236 by introducing "zoom-to-fit when acquisition stops" option

GlobalSettings: Enable "show sampling points" by default

Decode: Improve signaling

Three issues that were fixed by this:
1) The SignalBase did notify PDs when its conversion changed
and new sample data was generated but this was dismissed as
the samples_cleared() signal was never fired nor used by the
PD stack.

2) The decode_finished() signal was added so that the decode
trace can immediately paint the trace once the PD is done.
Before, a repaint was only triggered when annotations came in,
resulting in a noticeable "unresolved period" visible if the
last stretch of signal didn't contain any annotations as the
trace wasn't repainted quickly enough.

3) The decode trace indirectly looks at the signal's
samples_decoded_ member when drawing the "unresolved period"
bar. Hence we should update this member before triggering the
repaint via new_annotations().