main.cpp: straighten the getopt/optind adjustment before openfiles

The pulseview(1) application accepts input file specs either as argument
to the -i option, or as positional arguments after the command line options.

Simplify the logic which collects remaining non-option command line words
after getopt(3) is done. As a byproduct the application code no longer
manipulates a variable that is owned by an external library.

analogsignal.cpp: Fix std::isnan() related compile issue on some systems

Re-do for recent source what commit f9abacf20c85 did to solve bug #531.
Explicitly use std::isnan() in checks. Avoid the 'using' directive since
not all platforms that are supported by sigrok do support it.

  pv/views/trace/analogsignal.cpp:54:12: error: 'isnan' is already declared in this scope

Fix comment

Fix up change handler registration

Before, the mismatched registration/deregistration lead to
crashes. Example:

Load file, load another file into the same session,
change any setting -> crash because first change notifier is
called but invalid

Prevent log length to be set to 0

Doing so prevents PV from starting up, so disallow it

AnalogSignal: Display value under cursor

Fix #979 by querying trigger types only once and storing them

Fix #1226 by removing a misplaced trigger marker clear

Disable unit tests by default

The rationale for this change is that except for developers, pretty
much everyone who builds from source does so because they want to
use the latest changes. However, only developers care about the results
of the unit tests, so this doubles the build time for users without
any real benefit.

Even worse, the unit tests are known to fail on several hosts for
reasons that are within the realm of the unit tests themselves, not
because of broken code. This confuses users and even prevents them
from installing PV for no good reason.

Since the unit tests do still run on Jenkins, there's little to no
coverage gap in my opinion.

Fix #770 by adding a vertical hover line and a setting for it

Fix #1040 by allowing multiple files to be loaded from command line

Fix #1166 by using the correct array size

Session: Handle failing sigrok::Device::read_config() calls

device.cpp: Add SR_CONF_EXTERNAL_CLOCK_SOURCE.

device.cpp: Add missing SR_CONF_DATA_SOURCE entry.

Fix #1198 by removing the 1:1 zoom button

Fix #807 by disabling trigger widgets when session is not stopped

Update cursor action's state whenever the cursor state changes

Fix #1212 by not resetting the cursors pointer

Calling cursors_.reset() effectively drops the CursorPair, meaning they
can never be used. Remove that.

Fix #540 by introducing a method to reset the view state

Fix #956 by adding the missing final sample to the range

Fix #1201 by letting more accurate matches replace previous ones

Fix #1182 by only considering enabled channels

Fix #1203 by catching the boost exception thrown on error

Add imported files to the session save/restore mechanism

This commit also makes the file loading more robust by improving
the handling of cases where files can't be loaded.

StoreProgress: Add missing log output

Session: Allow an SR_DF_META packet to override the samplerate

Otherwise, the sample rate determined by the read_config() call
in Session::sample_thread_proc() will be kept even if it's wrong
and the driver wants to submit the correct one.

tracegroup.cpp: Fix a potential unintended integer division.

Reported by Coverity (CID 279773):

  Result is not floating-point (UNINTENDED_INTEGER_DIVISION)
    integer_division: Dividing integer expressions -5 and 2, and then
    converting the integer quotient to type double. Any remainder, or
    fractional part of the quotient, is ignored.

logicsegment.cpp: Constify a few variables.

LogicSegment::pow2_ceil(): Fix potentіal integer overflow.

Reported by Coverity (CID 50925):

  Unintentional integer overflow (OVERFLOW_BEFORE_WIDEN)
    overflow_before_widen: Potentially overflowing expression 1 << power
    with type int (32 bits, signed) is evaluated using 32-bit arithmetic,
    and then used in a context that expects an expression of type
    uint64_t const (64 bits, unsigned).

cursorpair.cpp: Fix a clazy warning (-Wclazy-qstring-arg).

  [...]/pv/views/trace/cursorpair.cpp:174:34: warning: Use multi-arg instead [-Wclazy-qstring-arg]
          return QString("%1 / %2").arg(s1).arg(s2);

decodetrace.cpp: Drop unused "using std::all_of".

Reported by clang-tidy.

logicsegment.cpp: Suggest inlining of pack_sample()/unpack_sample().

These functions were not inlined by default (tested with gcc 7.3.0).
They're in a hot code path, so inlining can help with performance here.

logicsegment.cpp: Add missing config.h #include.

Without this #include, HAVE_UNALIGNED_LITTLE_ENDIAN_ACCESS was not
available and thus the faster path in LogicSegment::unpack_sample() and
LogicSegment::pack_sample() was never used.

DecodeSignal: avoid specifying a zero samplerate to libsigrokdecode

When the sample rate is not known, avoid claiming the value would be
zero and calling setup routines in backend libraries. Although the call
is not strictly fatal, this simple check avoids potential log messages
at callee's for this unexpected condition.

session: apply input format match to interactively loaded files, too

Move the format match logic from load_init_file() to load_file(), so
that it transparently takes effect on each "opened" file. Users still
can choose to "import" files and specify options when required. In the
case of lookup miss, sigrok session is assumed as before.

This fixes the remainder of bug #1015.

session: add support to auto detect input format (for init file)

Extend the Session::load_init_file() method, to have the input format
automatically detected in the absence of an -I spec upon startup.

This fixes part of bug 1015. Input files specified at the command line
when pulseview gets invoked are handled. Files that interactively get
loaded while pulseview is running are not handled yet.

Installer: Add debug shortcut for -l 5

DecodeTrace: Use qreal instead of int for annotation drawing

This is to prevent "blinking" of annotations when they would merge into
blocks and break off of them again, noticeable when zooming in and out
using a track pad or touchscreen.

DecodeTrace: Speed up painting by not copying the annotations

Fix #1149 by handling "d" and "(dd)" types separately

Update property widgets before showing device config popup

DecodeSignal: Prevent out-of-range exception

DecodeSignal: Re-set decoder metadata after stack termination

LogicSegment: Readability changes

Fix bar displaying undecoded area

Issue #1: As decoding happens while the trace is drawn, the
annotations may actually overlap with the bar because the number
of decoded samples is outdated.

Issue #2: The bar is a little too low and off-center.

DecodeTrace: Remove unused members

DecodeSignal: When lacking input, retry only when data is available

Fix #1174 by performing shutdown speed optimizations

Don't use qDebug().noquote() for now (bug #1169)

Annotation: Use special type for the class, not plain int

Fix #1162 by always submitting all changed options to libsrd

Channels popup: Use a more compact one-line button row.

inputfile: Increase chunk size from 16KB to 4MB.

Use a 4MB chunk size for reading a file into memory. Larger values don't
seem to provide any substancial performance improvements, but can cause
UI lag and a visually "stuttering" display of the data currently loading.

inputfile: Use a vector instead of an array on the stack.

Increasing the chunk size could cause issues when trying to put
large arrays on the stack.

Fix #709 by deriving row/ann colors from the channel color

Trace: Remove unneeded setters

Channels: Add missing include

SignalBase: Don't assume all channel settings are restorable

Rename colour* to color*

Centralize session error notification

Fix #1153 by only showing drivers we'll actually scan

Channels: Break up logic and analog channels into separate grids

This way, a named analog channel (e.g. "SDA analog") won't visually disturb
the alignment of the logic channels if there are only ungrouped channels.

To see this change in effect, you may compare using sainsmart_dds120_powerup_scl_analog.sr

Channels: Let "Enable all changing" also check for sample data

Channels: Don't use flat buttons and add vertical spacer

With the buttons being flat, users may not recognize the labels as
buttons intuitively. Hence, make the buttons explicitly appear as
such. To make the dialog more aesthetically pleasing, we add some
vertical space between the check boxes and the buttons.

Channels: Re-arrange selector buttons

Session: Don't process packets without sample data

Fix #1023 by implementing filtering channel selectors

DecodeSignal: Use srd_session_terminate_reset() for multi-segment data

Apply option changes immediately, not on decode stack rebuild

Add DecodeSignal and Session error logging

Logging: Make logging thread-safe

Otherwise, we crash when two threads try to add entries to the log
at the same time.

view.cpp: Drop unneeded parenthesis.

Fix build with -DENABLE_DECODE=n.

Fix two clang-tidy warnings.

CMakeLists.txt: Set CMake policy CMP0054 to NEW.

This prevents the following warnings upon a second cmake run:

  CMake Warning (dev) at /usr/share/cmake-3.10/Modules/CMakePushCheckState.cmake:65 (if):
    Policy CMP0054 is not set: Only interpret if() arguments as variables or
    keywords when unquoted.  Run "cmake --help-policy CMP0054" for policy
    details.  Use the cmake_policy command to set the policy and suppress this
    warning.
    Quoted variables like "HAVE_CXX_ATOMICS_WITHOUT_LIB" will no longer be
    dereferenced when the policy is set to NEW.  Since the policy is not set
    the OLD behavior will be used.
  Call Stack (most recent call first):
    CMakeLists.txt:123 (cmake_push_check_state)
    CMakeLists.txt:139 (check_working_cxx_atomics)
  This warning is for project developers.  Use -Wno-dev to suppress it.

CMakeLists.txt: Set CMake policy CMP0071 to NEW.

This fixes bug #1143.

DecodeSignal: Re-create SRD session when changes are pending

DecodeSignal: Reset and re-use existing decoder sessions

Instead of destroying and re-creating decoder sessions, re-use
previously created sessions by just terminating their current work and
resetting internal state.

This implementation most proboably is incomplete in respect of changes
to the stack hierarchy or individual decoders' properties. This needs
more attention. When the stack is kept but its configuration has changed,
the involved properties need to get "somehow applied to" the stack's
instances before re-using it with new input data will yield correct results.

logging: Minor consistency fixes.

logging: Use different color for srd log messages.

The old brown color looked pretty reddish on some monitors (which
could be confused to mean "error"), select a slightly different color.

Session: Set "segment complete" flags when no frames are used

Without this, A2L conversion is skipped for segment sizes smaller
than ConversionBlockSize, e.g. when acquiring only 100 samples.

Really fix #1125 (and maybe #1139)

manpage: Mention -s | --log-to-stdout option.

GlobalSettings: Announce settings changes to allow logging

Settings: Change page list design

This may also fix #1095, we'll see.

Main: Create human-readable stack trace and notify user

Main: Add missing --no-scan long option for -D

Main: Add -s option to allow logging to console as before

SignalHandler: Rename include guard

Add logging mechanism

Add boost::stacktrace support

CMakeLists.txt: Fix a build issue on MSYS2.

Only apply an MXE-specific workaround on MXE (but not when building
natively using MSYS2), otherwise there are issues on MSYS2.

CMakeLists.txt: Only add Qt5PlatformSupport for Qt < 5.8.0.

Qt5PlatformSupport was removed in Qt 5.8.0.

fix catching polymorphic types by value

Compiling with GCC 8 produces a new warning about catching polymorphic
types by value. Proper way is to use references instead.

/home/sharkcz/projects/pulseview/main.cpp: In function ‘int main(int, char**)’:
/home/sharkcz/projects/pulseview/main.cpp:229:22: error: catching polymorphic type ‘class std::exception’ by value [-Werror=catch-value=]
   } catch (exception e) {
                      ^
cc1plus: all warnings being treated as errors

Fix #1128 by showing firmware and PD search paths in settings dialog

Apply changes suggested by clang-tidy

Fix #1125 by adding a missing typecast

Without this typecast, the return type of get_sample_count() is
a uint64_t, which doesn't go well when it's 0 and we subtract 1
from it. Assigning the result of this underflow to an int64_t
doesn't help, it's too late.

SignalBase: Speed up conversion and prevent leaving samples unconverted

Unconverted samples can happen due to a race condition: being notified
of new samples coming in is ignored when the thread is already executing.
If these notifications however were the last ones sent out because the
segment was completed right after, the currently ongoing conversion
will finish but not be restarted with the final sample range.

With this patch, this is prevented.

Adjust signal to changes made in 7f894d958

This one slipped through and needs adjustment.