cmake: add check for explicit linking against libatomic

To use atomics functions, some toolchains requires to explicitly add
-latomic to the linker flags (because they are not provided by libc,
but libatomic).

This change adds a helper function trying to build/link a test program
using atomics, then calls it to:
* first check if atomics are directly available in the libc;
* if not and libatomic has been found, then run the same test with
  "-latomic" added to the linker flags.
The pulseview link library list is updated according to the results of
these tests.

This issue was triggered by the Buildroot farms:
  http://autobuild.buildroot.org/results/1e3/1e3101261252d5f30fdf842cc99604e4f4c25eef/build-end.log

Notes:
1- CMAKE_REQUIRED_* variables are only used in check functions. They
   are not automatically forwarded to/handled by the target commands
   (such as target_link_library), because the check functions are
   implemented as macro in CMake code, whereas many target commands
   are native.
2- Because of note #1, CMAKE_REQUIRED_LIBRARIES (or its value) must be
   explicitly passed to the target_link_library command when this is
   needed.
3- In this implementation, LIBATOMIC_LIBRARY is only set when it is
   needed; so, unconditionally appending it to PULSEVIEW_LINK_LIBS
   will produce the expected behavior.

This fixes bug #810.

Signed-off-by: Samuel Martin <redacted>

cmake: use pkg-config ldflags directly instead of spliting libs and dirs

This allows picking some necessary linker flags such as
-Wl,--whole-archive

Trace: Make popup forms compatible with OSX

Qt behaves differently on OSX regarding widget lifetime it seems,
causing the addition of a stacked decoder to crash PV.

According to Elias, the object popup_form_ gets destroyed, yet
it still has the parent popup_ which in turn will destroy it
again at the end of its life. Either removing the parent, or the
preliminary destruction, fixes the crash.

Session: Keep track of signal data locally

Currently, the Session class doesn't hold pointers to the signal
data itself but instead fetches the data on demand using the list
of signals it has. As the Session is providing the model in the
MVC paradigm, it owns the data and thus should keep track of it
directly. The signals are (in an ideal world) mere views on that
data, so querying them for the signal data isn't good style.

InputFile: Use new reset() function to allow re-reading file

Commit 519d0ccbe67d005a9c442795ce3b8255e78ca46d tried to solve
the problem of being unable to re-read an opened file by clicking
the "run" button. However, the solution is insufficient.
PV expects the session device to be updated after the open()
call. If it is not, the device settings popup will show the
settings of the previously used device.

This patch fixes this and also makes use of the new reset()
method to allow re-reading of the file contents. The method
is necessary because otherwise we have to destroy the input
module and create a new instance. This however also means
setting a new session device, which is highly undesirable.
So reset() it is.

DecoderStack: Force a viewport update more frequently

Updating the viewport every 65kib of input data causes
the decode trace to make really big leaps, leaving the
user with the feeling of a not-so-snappy user interface.
We can easily change this by updating the trace every 1kib
since the decoder and the UI thread are separate and the
decode trace drawing is much faster since when the limit
was originally set.

Fix #792 by making sure we don't request samples that don't exist

Connect dialog: Make button caption more clear

Users are expecting *any* device to be found when pressing
the "Scan for Devices" button. As that is not what it's doing,
we need to clarify what it does.

DecodeTrace: Let the view know when we need more space

DecodeTrace: Make sure first row's label width can be calculated

Without a pen set, p.boundingRect() returns 0. All other rows
have their label text width calculated with a pen, which makes
p.boundingRect() work as intended. Fix this by setting a pen
before the first row is processed.

View: Remove unnecessary methods

Fix #771 by using black with alpha instead of an opaque grey

Fix #777 by using a workaround for assumed glibmm bug

Fix #705 by preventing the use of invalid instances

As QCache owns the object instances it manages, inserting
an object into the cache transfers ownership automatically.
This means we can't use an instance after it has been
inserted into the cache as this results in a double free
situation as we'd end up calling the destructor on the same
object instance as the cache.

AnalogSignal: Make sure the trace is redrawn when changing vdiv count

Trace/AnalogSignal: Improve contrast and precision of the trace lines

View: Make sure unused groups are freed

Session: Make sure all data is deleted before changing devices

InputFile: Don't try to create device twice

The InputFile currently only keeps track of the
need for a device instance local to run().
This means that when calling run() a second time
(e.g. by clicking the "Run" button after loading
a file), the function will try to create the
device instance and add it to the session.
This fails as the first created instance is
still assigned to the session and thus the
session will reject adding another device.

Furthermore, simply clearing the session
devices isn't enough for proper operation.
The issue is that once a file's content has
been sent to an input module, the module is
not going to accept another file. It needs
to be reset to its initial state. To do this,
we create the input module instance every time
we want to read the file.

DecodeTrace: Make an empty decode trace appear symmetrical

DecodeTrace: Replace magic number by proper calculation

test/CMakeLists.txt: Add missing #include file.

AnalogSignal: Implement info text for V/div display

AnalogSignal: Implement resolution selector in dialog

AnalogSignal: Use Q_OBJECT and implement vdiv selector in dialog

AnalogSignal: Use correct scaling factor for the grid to work

AnalogSignal: Implement vertical grid

View: Handle pre-existing trace groups correctly

View: Restore the original signals_changed() positioning code

View: Remove empty trace groups in signals_changed()

View: Provide a clear setup path for the initial v_offset value

- View::update_scroll():
  The range for the vertical scrollbar is only updated if there
  are traces in the view.

- View::set_scroll_default():
  This new function adjusts the vertical offset of the view so
  that all traces are visible. Needs to be executed once after a
  new device was selected.

- View::signals_changed():
  We want to be able to clear stale items in-between devices, so
  we no longer want to simply return when no device is selected.
  This means we need to handle a missing device more gracefully.

  Also, we now reset the vertical scroll bar when no device is
  selected and call set_scroll_default() when needed.

View: Make signals_changed() more predictable

Newly created trace groups have their traces restacked
immediately to make sure we can rely on the group's v_extents.

We no longer unconditionally add trace groups that could
actually be empty.

The code that adds the new top-level items is more
straightforward now.

TraceTreeItemOwner: Change behavior for empty containers

An empty TraceTreeItemOwner's v_extents are no longer
[INT_MAX, INT_MIN] but [0, 0] instead. As new items were added
relative to the view's own v_extents, items were added at
positions close to the over-/underflow margin. This messed up
the scrollbar among other things. Returning [0, 0] instead
allows for better handling of such cases.

Session: Don't crash when session.device_ is empty

Session: Improve signal handling during device selection

Changing devices now forces an update of the view's signal handling.
This will allow clearing the view properly in-between devices.

StoreSession: Add analog saving support

Use natural sort order for DecodeTrace channel selector drop-down

fix 'Exception: not applicable' when connecting to hantek-dso

Fix various typos in code comments.

AndroidManifest.xml: Bump PV version to 0.4.0.

Use the 'default' keyword where applicable. This patch
 was initially created using clang-tidy:

  clang-tidy -checks="-*,moderize-use-default" -fix

However, the resulting patch only wanted to alter the
definitions in the .cpp file. I think it makes more
sense to remove the definitions completely and just
add "= default" to the declarations in the header file.

DecodeTrace: Optimize loop (see also da50281d)

Whitespace fix

Prefer Qt string multi-arg form over arg chaining.

This has performance/memory advantages and avoids some potential bugs
and/or security problems.

Standardize on 'event' as name for all Qt events.

Use 'event' consistently across the whole code-base as variable name
for Qt events (previously 'e' or 'evt' was also used).

Fix inconsistent declaration parameter names.

This patch was generated using clang-tidy:

  clang-tidy -checks="-*,readability-inconsistent-declaration-parameter-name" -fix

(with some manual fixups of false-positives)

Use range-based for loops more often.

This patch was generated using clang-tidy:

  clang-tidy -checks="-*,modernize-loop-convert" -fix

Use nullptr in some more places.

This patch was generated using clang-tidy:

  clang-tidy -checks="-*,modernize-use-nullptr" -fix

CMakeLists.txt: Bump PulseView version to 0.4.0.

0.4.0 will be the next major release. Bump now, so that
there is no confusion of tarball 0.3.0 and 0.4.0-git snapshots.

Fix #181 by changing the global decode lock into an SRD lock

The global decode was insufficient insofar as it didn't
prevent a newly started decode thread from interjecting its
own decode operations. When this happens, something goes
haywire somewhere and Python crashes.

Until the underlying cause is fixed, this global SRD lock
forces one decoder thread to finish before another one can
start.

While this is a bit inconvenient for wanting to decode as
the acquisition is going on, it currently is the only
working option.

DecoderStack: Make decoder sessions terminate after running

Currently, SRD sessions aren't terminating after all data
has been decoded, leaving the decode thread in a state
where it's waiting for more data.
This would be okay if an acquisition was still ongoing but
when the acquisition has been stopped, there will never be
more data. When a new acquisition is started, the previous
decode sessions will be terminated and then new ones will
be started. This is the reason why this behavior wasn't
an issue up until now.

However, the fix for #181 requires that the decode thread
terminates or else the global SRD lock will never be
released.

MainWindow: Try to use any available device aside from demo

Currently, PV will only try to use the previously used device.
However, when first running PV, it will default to demo as
there is no previously used device. In this case, we still
want to use whatever device we can get our hands on so that
the user can start using PV immediately.

DecodeTrace: Remove unnecessary parameters

DecodeTrace: Let annotation labels be pushed aside by the row title

DecodeTrace: Try to keep annotation labels within the view

Up until now, annotation labels were always drawn centered,
even if the annotation was very wide and mostly off-screen.
This resulted in annotation labels being out of view, even
if there would be enough space to draw it within the view.
This patch fixes this.

Fix 745 by improving the draw_annotations() block drawing algo

Fix clang warning: shifting a negative signed value is undefined

Fix #737 by adding the override specifier where needed

Fix unit tests and prevent warnings

Fix #733: Open import files using binary mode

View: Honor ENABLE_DECODE compiler switch

NEWS: Update for upcoming 0.3.0 release.

INSTALL: Mention the missing glibmm dependency.

PulseView uses glibmm directly, not just indirectly via libsigrokcxx.

Fix a bunch of random typos.

MainBar: Added missing menu item

MainWindow: Added missing definition of action_view_coloured_bg

Trace: Removed hit_box_rect, to remove canvas dragging support

Revert "Make traces non-draggable outside the header area"

This reverts commit e081bf3d864d5662716668d6b4adcb0871d11dae.

Revert "Make traces only selectable in the header area"

This reverts commit 35365c66bf6166c5607f1180016528d996a45b66.

DecodeTrace: With a rounded rect

DecodeTrace: Use an stl algorithm to find if all annotations are the same colour

Bump the Boost requirement to >= 1.53.

This is required now since we use the Boost multiprecision module.

Thanks to Daniel Glöckner for the report.

This fixes bug #722.

Update to new configuration API.

DecodeTrace: Prevent trace height from jumping

In 506317984393a41000650ccca868f3dd66872a4f, the decode
trace height was made dependent on the number of currently
visible annotation rows.
This however has issues: when zooming in on an area where
there are no annotations, the height of the decode trace
collapses. With this patch, this can't happen anymore as
a new variable keeps track of the maximum number of
annotation rows ever encountered, keeping the decoder
trace height stable.

DecodeTrace: Improve annotation block drawing

Instead of just drawing blocks using the color of the first
annotation in the block, draw a "special" annotation
with a dotted pattern.
The color of this annotation depends on the annotations
in that range: a color is used if they're all of the same
annotation class. If there's different kinds, gray is used.

Fix #717 by only updating the name widget when necessary

Fix #719 by calculating the decoder trace height dynamically

Make traces only selectable in the header area

Make traces non-draggable outside the header area

Fix #687: Update channels after removing decoder traces

DecodeTrace: Speed up annotation drawing

The speedup is achieved by combining neighbouring annotations
into a single item to be drawn if their end pixels are less than
2 pixels apart.

This fixes bug #325.

DecodeTrace: Use correct background colour

This fixes bug #718.

Minor whitespace and Doxygen fixes.

manpage: Document the new 'b' keyboard shortcut.

Viewport: Allow for vertical dragging as well

Use alternating trace background colors when not using their own

Implement "use coloured background" functionality

Add menu option for coloured/alternating trace background colors

MainWindow: Fix typo

Use channel color as the trace background color

manpage: Document all keyboard shortcuts.

manpage: Minor fixes and updates.

Various minor whitespace and consistency fixes.

session: make sure signals set is initialized

This fixes parts of bug #387.

view/analogsignal: set samplerate to 1.0 if samplerate is not known

This fixes parts of bug #387.

Session: Allow using sample rate from meta packet

Currently, PV only looks at the device config to determine the
sample rate. This breaks as input filters submit meta packets
containing the sample rate and provide no device config.

Example: load any file in PV using the raw binary input filter
and set the sample rate to anything but 0. PV will still show
'sa' as the time unit, indicating that it dismisses the sample
rate information sent in the meta packet.

This patch makes this work by using the sample rate if it
wasn't already set from the device config.

CMakeLists.txt: Drop superfluous "include(FindPkgConfig)".

This causes the check for the pkg-config tool to be performed twice
since it is followed by another "find_package(PkgConfig)".

This can cause issues in some situation, see e.g.
https://github.com/mxe/mxe/issues/1023#issuecomment-161255930

This fixes bug #663.

DecodeTrace: Don't dereference iterator pointing at end of container.

LogicSignal: Only draw the trigger marker for enabled channels.

This makes the behaviour consistent across LogicSignal's three
painting functions (paint_back(), paint_mid() and paint_fore()).

LogicSignal: Put all trigger matches into a single trigger stage.

Previously each trigger match was assigned its own trigger stage,
which is problematic because devices may not support more than one
stage.

Ideally we would want the user to decide which matches go into
which stages, but that's a long way off and this change makes
things work just a little bit better for more devices.

Fixes bug #683.