Fix #1035 by checking for exceptions when accessing config

Also fixes #651 because it makes Device::read_config()
generic.

Fix for "fill logic signal high areas" feature

At certain zoom levels, the algorithm wrongly fills areas where
the signal is low. This patch fixes this.

Fix #1222 by adding a tooltip for when there isn't enough space

Also fixes #870 by always using 12 digits for precision

Add generic "Create marker here" context menu entry

README: List icon/theme licenses explicitly.

Logging: Adjust UI colors to suit both dark and bright themes

Channels: Make channel enable/disable options symmetric

Speed up MipMap downsampling in logicsegment

Make use of the segment chunk size to process samples
in contiguous blocks when possible.

Provide routines for downsampling with sample sizes
of 1, 2, 4 & 8 bytes which the compiler can optimize.

These changes halve the time taken to display the
23MB ws2812b_neopixel24_4mhz_verylong.sr from
40 seconds to 18 seconds.

Expose length of valid data in segment chunk

Fix memory leak in DecoderMenu

==214004== 1,536 (16 direct, 1,520 indirect) bytes in 1 blocks are definitely lost in loss record 6,288 of 6,442
==214004==    at 0x4C2EE0B: malloc (vg_replace_malloc.c:299)
==214004==    by 0x67D8435: g_malloc (in /usr/lib64/libglib-2.0.so.0.5600.3)
==214004==    by 0x67F0056: g_slice_alloc (in /usr/lib64/libglib-2.0.so.0.5600.3)
==214004==    by 0x67F14FA: g_slist_copy_deep (in /usr/lib64/libglib-2.0.so.0.5600.3)
==214004==    by 0x5584FC: pv::widgets::DecoderMenu::DecoderMenu(QWidget*, bool) (decodermenu.cpp:33)
==214004==

Implement fixes proposed by clang-tidy

Add themes and implement theme support

Make "fill logic signal high areas" feature more robust

device.cpp: SR_CONF_AVG_SAMPLES: Add support for list of values.

Trace: Force trace replaint when a setting changes

Use QMenu->popup() instead of QMenu->exec() everywhere

GlobalSettings: Enable mouse hover marker by default

Implement "fill logic signal high areas" feature

Segment: Implement temporary workaround for #1284

Ruler: Add "toggle mouse hover marker" to context menu

Ruler: Add context menu with "Create marker here" entry

Segments: Fix iterator access to underlying value

Before this change, it->value was accessed even when the
iterator went past the end of the underlying buffer.

LogicSegment: Check upper bound when performing edge search

manual: Reword and update some stuff

View: Refine snapping algorithm

We now also choose the best match depending on edge density.

View: Fix snap-to-edge when using all signals

Rename --no-scan to --dont-scan

Fix #1292/1294 by snapping to any edge when not hovering over a signal

1292: TimeItem instances now snap to any edge when not hovering over a
      signal, including the ruler itself. Hence, there is always an area
      where one can hover without selecting a signal, even if the entire
      view is full of signals.
      Cursors also show the desired behavior: the left edge snaps while
      the right does not. Hence, the width is kept constant. If the user
      wants to snap the right edge to a signal edge, this can be achieved
      by dragging the right edge separately.

1294: TimeItem instances now snap to any edge - before, they were snapping
      only to edges when hovering over a signal.

View: Make TimeItem derivatives snap to edges when ruler-dragged

Without this change, the snap-to-edge feature doesn't work
when TimeItem derivatives are dragged in the ruler.

manual: Add a short Mac OS X install text.

manual: Various minor fixes.

Fix unit tests

Application::print_version_info(): Minor output whitespace fixes.

Fix #1213 by improving the version information handling

Add setting for the snap-to-edge distance

Fix #684 by implementing snap-to-edge for TimeItem-based classes

Implement LogicSegment::get_surrounding_edges() and use it

Manual: Describe sticky scrolling

Logging: avoid "cb was NULL" warning message during logging shutdown

Commit 4b9234088f56 introduced the fetch and restore of the libraries'
default log routines in addition to the registration of a Pulseview
application's log routine. Some code paths in main() could result in
unexpected "cb was NULL" messages on stderr, when logging::init() did
not execute but the destructor tried to restore a handler which was not
fetched before. Silence the error message.

DecodeTrace: Rename get_sample_range() to get_view_sample_range()

Include suggested changes by clang-tidy

Fix #1270 by replacing insignificant characters before comparing

manual/generate: Always generate a PDF manual as well by default.

device.cpp: Add SR_CONF_AVG_SAMPLES.

device.cpp: Add SR_CONF_AVERAGING.

Logging: Write messages from qDebug() and friends also to stdout

Binding: Add help icons for entries with descriptions

Manual: Initial revision

Settings: Fix description text

When %q is used, we don't just encapsulate annotation texts in
quotation marks, we encapsulate all fields.

DecodeSignal: Unpause reliably

manpage: Drop obsolete -s|--log-to-stdout docs.

Android: implement chained log callbacks (buffer and terminal output)

Query the libraries' default log handlers before registering the
application's own handler. Queue log messages in the application's
internal buffer _and_ hand them to the default handlers which send
the text to stdout as well.

Logging: obsolete -s, log to internal buffer as well as stdout

Query the sr and srd libraries' current log routines before registering
PV's own log callback which queues messages in an internal buffer. This
allows duplication of messages to the internal buffer _and_ stdout, and
thus obsoletes the -s option.

pulseview.qrc: Add missing files.

Implement decode pausing/resuming

Fix two warnings

Fix item dragging

Replace (double)0 by 0.0

AnalogSignal: Set initial value for the "value at cursor" variable

Without this, the analog traces show random values after startup
until the mouse cursor enters the application window and the cursor
position updates.

Fix #1259 by not silently ignoring file read errors

Enum: Use slider instead of combo box for contiguous ranges

MainBar: Disallow negative sample rates

MainBar: Disable custom samplerate by default

Without this, the edit may be left in editable mode once the
external clock was enabled and disabled again.

MainBar: Fix warning message introduced by bc4b9ccfc78d9d0

"sr: hwdriver: Option 'external_clock' not available for this device instance."
Avoid this message by checking if the EXTERNAL_CLOCK property is actually
supplied by the driver.

DecodeTrace: Implement annotation export for cursor range

Fix regression introduced by 2980ff2da269c9ed

The regression was that when clicking+dragging on a trace in the
trace view area, the individual trace was moving, not the view area
itself. This was unintended.

Segment: Catch by reference

Implement annotation export for all rows

Needed parts are:
1) Annotations must have a reference to the row they belong to
2) DecodeSignal must offer a method to return annotations for all rows
3) Annotations must become comparable to allow for sorting
4) DecodeTrace must handle the different annotation export cases

Make annotation export customizable

Implement annotation export from the DecodeTrace context menu

Rename create_context_menu() to create_header_context_menu()

Allow for a context menu in the view area

Fix #1204 by making sure the lazy event handler is fired

The QTimer reference says about QTimer::start():

> Starts or restarts the timer with the timeout specified in interval.
> If the timer is already running, it will be stopped and restarted.
> If singleShot is true, the timer will be activated only once.

This suggests that the timer is reset when start() is called even
when it is in single shot mode. However, this is actually not the case
and start() doesn't appear to be doing anything if it has already
been started. While this works in most cases, it causes issues when
the timer is supposed to be reset and timeout at the specified time
since view items are still in flux.

Adding a stop() before the start() fixes this.

about: Layout change to use space more efficiently.

about: Merge all version info into one section.

about: move Pulseview version information into the text box

Move the application's version information out of the caption and into
the text box. So that it resides with the libraries' version information,
and is accessible via clipboard for reports.

This addresses part of bug #1213, and fixes all of #1264.

CMakeLists.txt: Set DISABLE_WERROR to TRUE by default.

There's various compile problems that can result from building with
-Werror on by default, which are outside of our control (e.g. that need
to be fixed in external libraries), for example #1144 or 1145.

HardwareDevice: Only show non-empty device name components.

Fields such as vendor, version, serial number etc. are not always
provided by drivers. Avoid printing them, since it causes stray
whitespace to be added to the displayed strings.

HardwareDevice: Make serial number display a bit clearer.

Fix the build - catch exceptions by reference

Fix the following build errors seen with gcc 8.1.1:

 error: catching polymorphic type ‘class std::out_of_range’ by value
 error: catching polymorphic type ‘class boost::archive::archive_exception’ by value

Signed-off-by: Brian Starkey <redacted>

Fix #1146 by replacing the check box by a combo box

Remove non-functional remains of the scale drag handle

Channel popup: Don't disable channels when clicking the enable buttons

View: Don't set scroll defaults more than once

Make sure PD row colors remain constant by adding a row index

Without this change, PD row colors depend on the visible rows,
not a constant ID. This means that rows that collapse change the
colors of all rows coming after them.

Accept user-entered sample rates when external clock is enabled

Properly handle decoder errors

DecodeSignal: Add and use inclusive/exclusive sample count variant

This is needed because the annotation cache must be operating on the
number of decoded samples WITHOUT the ones being currently processed,
otherwise it'll refuse to refresh the cache, even if more annotations
arrive - it uses the sample count to determine the cache state.

However, the bar showing the undecoded area must operate on the number
of samples WITH the ones being currently processed so that annotations
aren't overlapping with it.

Adding the parameter to DecodeSignal::get_decoded_sample_count() allows
for both.

This relates to e06cf18db72.

Connect dialog: Let the device list occupy only the minimum space needed

LogicSignal: Don't paint hover marker if channel is disabled

Fix #975 by overallocating memory to leave spare for PV to use

cmake: help users by pointing out libsigrok build depencendies

It appears that users have trouble to relate failed PulseView builds to
missing dependencies during libsigrok configuration. Although the error
occurs early and is stated in the build output, it only gets noticed
late and users forgot about the earlier step, or never bothered to check.

Explicitly test for the availability of the C++ bindings, and print a
message that points to libsigrok's(!) configuration phase. Another
check for the full set of libraries will fail in fatal ways as before.

An unfortunate implementation detail of the cmake check leaves all parts
of the lookup result empty when either(!) of the tested libs is missing.
So we cannot tell with certainty which test failed when the test result
is negative while a list of libraries was passed to the test. That's why
the "soft" individual test with QUIET and without REQUIRED is the least
intrusive adjustment to existing CMake rules, where other locations
depend on the PKGDEPS_* variables.

This change addresses bug #1199.

cmake: nit, use the message(STATUS) keyword

main.cpp: straighten the getopt/optind adjustment before openfiles

The pulseview(1) application accepts input file specs either as argument
to the -i option, or as positional arguments after the command line options.

Simplify the logic which collects remaining non-option command line words
after getopt(3) is done. As a byproduct the application code no longer
manipulates a variable that is owned by an external library.

analogsignal.cpp: Fix std::isnan() related compile issue on some systems

Re-do for recent source what commit f9abacf20c85 did to solve bug #531.
Explicitly use std::isnan() in checks. Avoid the 'using' directive since
not all platforms that are supported by sigrok do support it.

  pv/views/trace/analogsignal.cpp:54:12: error: 'isnan' is already declared in this scope

Fix comment

Fix up change handler registration

Before, the mismatched registration/deregistration lead to
crashes. Example:

Load file, load another file into the same session,
change any setting -> crash because first change notifier is
called but invalid

Prevent log length to be set to 0

Doing so prevents PV from starting up, so disallow it

AnalogSignal: Display value under cursor

Fix #979 by querying trigger types only once and storing them