usb_request: Use separate annotation rows for IN, OUT and CONTROL

E.g. CONTROL and BULK IN transfers may overlap each other, and as a result
only one of the two can be seen in pulseview.

Partly solves bug #1046. In case a device has multiple IN/OUT endpoints,
transfers would still overlap, but many simple devices have just one each.

usb_request: Fix some decoding errors

Append OUT data only if it has been ACKed. OUT transfers (BULK OUT or
CONTROL transfer DATA stage) are typically NACKed to create backpressure.

Always keep IN and OUT transfers separate. On the physical layer, the
endpoint number only uses 4 bits, and IN and OUT use separate tokens.
In case the transfer is an IN transfer, set the high bit as used in the
endpoint descriptors (i.e. 0x81 is IN enpoint 1, 0x01 is OUT endpoint 1).

enc28j60: Rename self.ann to self.out_ann.

(for consistency with all other decoders)

enc28j60: Shorten various self.put*() calls.

enc28j60: Factor out self.putr().

enc28j60: Factor out self.putc().

enc28j60: Use the common ss/es abbreviations.

This makes it more consistent with the rest of the decoders.

enc28j60: Clear 'outputs' (no OUTPUT_PYTHON support).

enc28j60: Factor out command list to lists.py.

enc28j60: Shorten ANN_* list a bit.

enc28j60: Add 'tags' field.

enc28j60: Implements decoder for ENC28J60 SPI Ethernet chip

atsha204a: Mention other potentially supported devices.

atsha204a: Mention ATECC508A support in docs.

atsha204a: Minor indentation fixes.

atsha204a: Only call output_tx_bytes() when the bytes buffer is not empty

atsha204a: Display OtherData parameter correctly when Verify command is executed in Validate mode.

atsha204a: Add support for ATECC508A

NEWS: Fix two typos.

spi: Fix annotation row ordering.

Use the same (more logical) order of having the "bits" annotation row
being the first one, which is also what pretty much all other PDs do.

spi: Don't emit bogus "transfer" items.

spi: Add support for "transfer" annotations.

There is already an OUTPUT_PYTHON type named 'TRANSFER' that is being
transmitted to stacked decoders. Make the same information available
as annotations (additionally), which can be helpful in some situations.

cc1101: Use namedtuple to increase readability a bit.

cc1101: Remove 0x prefixes and unneeded quotation marks.

The format "0xAA BB CC ..." looks a bit strange, use "AA BB CC" instead,
it's relatively obvious that the data is hex-encoded.

The quotation marks around some names/values are unneeded and reduce
readability a bit, so drop them.

cc1101: Shorten decode_register() to decode_reg().

cc1101: Simplify decode_command().

By using the annotation strings as command names directly, some parts
of decode_command() can be simplified a bit.

cc1101: Simplify format_command().

cc1101: Factor out and simplify ANN_* names.

Add a TI CC1101 decoder.

sdcard_spi: Fix duplicated 'End bit' annotation emission.

sdcard_spi: Fix incorrect annotation row indices.

This fixes the remaining parts of bug #1365.

sdcard_spi: handle_data_response(): Shorten a few lines.

sdcard_spi: handle_data_response(): Add comment, cosmetics.

sdcard_spi: Fix some abbreviations and names to match the spec.

The official abbreviation for CMD24 in the spec is "WRITE_BLOCK", as
opposed to "WRITE_MULTIPLE_BLOCK" for CMD25 (chapter 4.7.4,
"Detailed Command Description", table 4-24).

The byte preceeding e.g. the CMD24 block data is called "Start Block" token
(chapter 7.3.3.2, "Start Block Tokens and Stop Tran Token"). We don't
include the "token" itself for consistency, since the decoder doesn't do
that for any other tokens either.

sdcard_spi: touch up CMD24 handling

Address some nits in the SDCard (SPI mode) protocol decoder. Rename
identifiers to eliminate comments. Determine the default block size at
the start of the write command instead of the iteration over payload
data bytes. Remove a print() statement which would break regression
tests. Allow re-use of the data handler for other commands, too. Use
lower case hex digits for consistency across the source file, and
slightly unobfuscate a bit pattern check while we are here. Improve
robustness of response handlers and how internal state gets advanced.
Replace constant lookups by direct method calls.

sdcard_spi: add support for CMD24 including payload data

The previous implementation advanced from the start of CMD24 to IDLE.
This commit introduces support for the data phase and data response of
CMD24. Which results in improved usability of the decoder output, and
reduced probability of false positives (don't detect "commands" in the
payload data).

This commit addresses the missing CMD24 handling part of bug #1365.

srd_inst_stack(): Warn upon potentially incorrect stacking.

Currently there must be at least one match of inputs/outputs for
decoders that are stacked. If not, we emit an informational warning
(but this is not a hard error for the time being).

decoders: Fix incorrect 'outputs' fields.

Only add items to 'outputs' if the respective PD actually has
OUTPUT_PYTHON support implemented as of right now.

Various decoders might get OUTPUT_PYTHON support later, but the
'outputs' field should reflect the current status.

ds2408: Add missing tags.

add a Maxim DS2408 decoder

This is a 1-Wire 8-channel addressable switch.

onewire_network: add a 'Disable Test Mode' command for DS2408

For details see the DS2408 datasheet, section "Power-up timing".

This commit is adding this missing command so now a full decoding
is possible:
Annotations from 1-Wire network layer:
8990980-8991220 1-Wire network layer: : Reset/presence: true
8994163-8994437 1-Wire network layer: : ROM command: 0x96 'DS2408: Disable Test Mode'
8995026-9008178 1-Wire network layer: : ROM: 0xa30000001246a929
9008785-9009060 1-Wire network layer: : Data: 0x3c
9012290-9012530 1-Wire network layer: : Reset/presence: true

And from the specific stacked DS2408 slave:
8990980-8991220 DS2408: : Reset/presence: true
8995026-9008178 DS2408: : ROM: 0xa30000001246a929 (family code 0x29)
9008785-9009060 DS2408: : Disable Test Mode (0x3c)
9012290-9012530 DS2408: : Reset/presence: true

onewire_network: add a missing 'Resume ROM' command

For details see the DS2408 datasheet, section "Resume Command [A5h]".

decoders: Various cosmetic/consistency/typo fixes.

HACKING: Document current tags and their intention/usage.

decoders: Add/update tags for each PD.

Add PD tags handling and some tags

jtag_ejtag: Shorten a variable name.

Rename values that shadow built-in keywords

Remove trailing semicolons

Fix obvious typos with string formatters

Typo preventing "Personal preference settings" & "Display user info on screen" from functioning

Source: https://en.wikipedia.org/wiki/RC-5#Command_Tables

Comparison to None should use "is/is not" instead of "==/!="

DS1307: Bugs fixes.

- Square wave frequencies above 1 Hz are in Hz not in kHz.
- AM/PM flag is in the bit 5 of hours register not in bit 6.
- AM flag is valid at 0 value of AM/PM flag not at 1 value.

uart: remove obsolete TODO (Python annotation for frame errors)

The "Frame error?" TODO comment on Python annotations has become
obsolete. Individual bit errors within the frame immediately get
communicated as they are detected (START, parity, STOP). The overall
frame's validity has become available with the FRAME annotation.

uart: add FRAME Python annotation, communicate frame validity

Internally keep track of the UART frame's validity. Emit a FRAME Python
annotation for aborted as well as for completed frames. This obsoletes a
TODO comment in the STOP bit code path.

This annotation also spans the complete frame's length, including start
and parity and stop bits, which the DATA annotation doesn't cover.
Stacked decoders can individually decide whether to strictly reference
the mere data bits section or the complete UART frame which happened to
communicate the data value.

uart: document the Python annotation for BREAK

i2s: Fix 2 issues.

1. WS = 0, Left Channel; WS = 1, Right Channel
2. Data start and end at falling edge of SCK

x2444m: Add some shorter annotation strings as well.

x2444m: Move variable initializations to reset().

x2444m: Make each command an extra annotation class.

Decoder for Xicor X2444M, nonvolatile static RAM.

decoder: consider reset() a mandatory decoder method

In theory support for PD reset is optional, applications are not
required to make use of it. But it's essential to receive correct
decoding results when used with the popular Pulseview mainline
application.

So let's consider the absence of the reset() method fatal. All mainline
decoders have it. Out-of-tree decoders are easy to adjust, and very
probably should support reset() as well. Thus this change is considered
beneficial, and not harmful.

miller: add reset() method

lin: Simplify state handling a bit.

lin: handle_break(): Use self.putx().

lin: Simplify LinFsm._transition_allowed().

add LIN protocol decoder

spiflash: Remember write protection latch from status registers

spiflash: Bugfix: WRSR was using miso for register decode

spiflash: Initial support for write enable state tracking

spiflash: Handle chip erase

Minimal implementation of chip erase 0x60 and 0xc7 command handling

spiflash: Add Winbond W25Q80DV metadata.

Fix GVariant memory leaks in session test code

==187759== 88 (40 direct, 48 indirect) bytes in 1 blocks are definitely lost in loss record 2,262 of 3,218
==187759==    at 0x4C2EBAB: malloc (vg_replace_malloc.c:299)
==187759==    by 0x563C435: g_malloc (in /usr/lib64/libglib-2.0.so.0.5600.3)
==187759==    by 0x5654056: g_slice_alloc (in /usr/lib64/libglib-2.0.so.0.5600.3)
==187759==    by 0x5673630: g_variant_new_from_bytes (in /usr/lib64/libglib-2.0.so.0.5600.3)
==187759==    by 0x566C5E6: ??? (in /usr/lib64/libglib-2.0.so.0.5600.3)
==187759==    by 0x566C7D2: g_variant_new_uint64 (in /usr/lib64/libglib-2.0.so.0.5600.3)
==187759==    by 0x403D41: conf_check_fail.constprop.6 (session.c:152)
==187759==    by 0x403E06: test_session_metadata_set_bogus (session.c:215)
==187759==    by 0x53E51D5: srunner_run_tagged (in /usr/lib64/libcheck.so.0.0.0)
==187759==    by 0x401237: main (main.c:51)

Fix memory leak in decoder test code

==187724== 917 bytes in 1 blocks are definitely lost in loss record 3,046 of 3,207
==187724==    at 0x4C2EBAB: malloc (vg_replace_malloc.c:299)
==187724==    by 0x563C435: g_malloc (in /usr/lib64/libglib-2.0.so.0.5600.3)
==187724==    by 0x5655D82: g_strdup (in /usr/lib64/libglib-2.0.so.0.5600.3)
==187724==    by 0x4E43937: py_str_as_str (util.c:371)
==187724==    by 0x4E415E1: srd_decoder_doc_get (decoder.c:892)
==187724==    by 0x40281D: test_doc_get (decoder.c:395)
==187724==    by 0x53E51D5: srunner_run_tagged (in /usr/lib64/libcheck.so.0.0.0)
==187724==    by 0x401237: main (main.c:51)

Fix memory leak in print_searchpaths()

==175453== 522 bytes in 8 blocks are definitely lost in loss record 2,923 of 3,201
==175453==    at 0x4C2EBAB: malloc (vg_replace_malloc.c:299)
==175453==    by 0x59E9BB5: PyObject_Malloc (in /usr/lib64/libpython3.6m.so.1.0)
==175453==    by 0x5A35A76: PyBytes_FromStringAndSize (in /usr/lib64/libpython3.6m.so.1.0)
==175453==    by 0x4E3FA6E: print_searchpaths (srd.c:173)
==175453==    by 0x4E3FA6E: srd_init (srd.c:287)
==175453==    by 0x4034BE: test_session_reset_nodata (session.c:238)
==175453==    by 0x53E51D5: srunner_run_tagged (in /usr/lib64/libcheck.so.0.0.0)
==175453==    by 0x401237: main (main.c:51)

Fix bad memory accesses during srd_exit()

When the decoder and session unload functions are called they
remove themselves from the list. The code walking the list
must be careful to avoid accessing the next pointer which
might now be invalid. The g_slist_foreach() takes care of
this.

Reports from Valgrind before fix:

==175436== Invalid read of size 8
--
==175436==  Address 0xe3f2598 is 8 bytes inside a block of size 16 free'd
==175436==    at 0x4C2FDAC: free (vg_replace_malloc.c:530)
==175436==    by 0x563C541: g_free (in /usr/lib64/libglib-2.0.so.0.5600.3)
==175436==    by 0x5654783: g_slice_free1 (in /usr/lib64/libglib-2.0.so.0.5600.3)
==175436==    by 0x56552A2: g_slist_remove (in /usr/lib64/libglib-2.0.so.0.5600.3)
==175436==    by 0x4E3FEFF: srd_session_destroy (session.c:343)
==175436==    by 0x4E3F5C7: srd_exit (srd.c:311)
==175436==    by 0x40336F: test_inst_new (inst.c:40)
==175436==    by 0x53E51D5: srunner_run_tagged (in /usr/lib64/libcheck.so.0.0.0)
==175436==    by 0x401237: main (main.c:51)
==175436==  Block was alloc'd at
==175436==    at 0x4C2EBAB: malloc (vg_replace_malloc.c:299)
==175436==    by 0x563C435: g_malloc (in /usr/lib64/libglib-2.0.so.0.5600.3)
==175436==    by 0x5654056: g_slice_alloc (in /usr/lib64/libglib-2.0.so.0.5600.3)
==175436==    by 0x5655797: g_slist_append (in /usr/lib64/libglib-2.0.so.0.5600.3)
==175436==    by 0x4E3FC75: srd_session_new (session.c:71)
==175436==    by 0x403345: test_inst_new (inst.c:37)
==175436==    by 0x53E51D5: srunner_run_tagged (in /usr/lib64/libcheck.so.0.0.0)
==175436==    by 0x401237: main (main.c:51)

Update a few Doxygen @since tags.

Drop @since tags for non-public functions.

instance.c: Avoid 4 unneeded forward declarations.

uart: add support for break condition detection

There are the "traffic inspecting" wait() conditions, which check an
edge to find the start of START, then wait for sample points to grab the
bit values. Bit times are sampled in their respective center, potential
glitches around sample points get ignored.

Add another independent set of wait() conditions which check _all_ edges
regardless of any data communication. This results in the most reliable
and maintainable detection of break conditions, regardless of how they
align to data frames. Break is defined as a period of low input signal
which spans at least one frame's length. Run the edge inspection after
data inspection, which results in the most appropriate annotation output
like leading data bits (of incomplete frames), frame errors (violated
STOP bit expectations), then break conditions. This approach is most
robust in the presence of incomplete input streams.

ook: Fix two typos which affect the decoding results.

Various log message improvements.

log: Use human-readable output type name everywhere.

instance.c: Make oldpins_array_*() static.

Decoder_put(): Add more info to OTUPUT_PYTHON log messages.

srd.c: Fix a compiler warning with gcc 8.

  srd.c: In function ‘srd_searchpaths_get’:
  srd.c:399:40: warning: cast between incompatible function types from ‘gchar * (*)(const gchar *)’ {aka ‘char * (*)(const char *)’} to ‘void * (*)(const void *, void *)’ [-Wcast-function-type]
    return g_slist_copy_deep(searchpaths, (GCopyFunc)g_strdup, NULL);
                                          ^

Upstream glib issue / documentation change:
https://gitlab.gnome.org/GNOME/glib/issues/1492
https://gitlab.gnome.org/pwithnall/glib/commit/e81f4c2acea5ada6ae989426e462613f7c612cac

type_decoder.c: Fix trailing whitespace.

morse: fix for #1278

ook_vis: Minor code simplifications.

ook_oregon: Minor code simplifications.

ook: Minor code simplifications.

added ook_vis

added ook_oregon

added ook

miller: Minor description/whitespace fixes.

atsha204a: Add missing full stop in description.

miller: Add missing 'binary' meta-data.

Miller encoding PD

cec: Drop uneeded self.set_stat().

cec: Replace unneeded decode_opcode().

cec: Simplify a few code snippets.