Include suggested changes by clang-tidy

Fix #1270 by replacing insignificant characters before comparing

manual/generate: Always generate a PDF manual as well by default.

device.cpp: Add SR_CONF_AVG_SAMPLES.

device.cpp: Add SR_CONF_AVERAGING.

Logging: Write messages from qDebug() and friends also to stdout

Binding: Add help icons for entries with descriptions

Manual: Initial revision

Settings: Fix description text

When %q is used, we don't just encapsulate annotation texts in
quotation marks, we encapsulate all fields.

DecodeSignal: Unpause reliably

manpage: Drop obsolete -s|--log-to-stdout docs.

Android: implement chained log callbacks (buffer and terminal output)

Query the libraries' default log handlers before registering the
application's own handler. Queue log messages in the application's
internal buffer _and_ hand them to the default handlers which send
the text to stdout as well.

Logging: obsolete -s, log to internal buffer as well as stdout

Query the sr and srd libraries' current log routines before registering
PV's own log callback which queues messages in an internal buffer. This
allows duplication of messages to the internal buffer _and_ stdout, and
thus obsoletes the -s option.

pulseview.qrc: Add missing files.

Implement decode pausing/resuming

Fix two warnings

Fix item dragging

Replace (double)0 by 0.0

AnalogSignal: Set initial value for the "value at cursor" variable

Without this, the analog traces show random values after startup
until the mouse cursor enters the application window and the cursor
position updates.

Fix #1259 by not silently ignoring file read errors

Enum: Use slider instead of combo box for contiguous ranges

MainBar: Disallow negative sample rates

MainBar: Disable custom samplerate by default

Without this, the edit may be left in editable mode once the
external clock was enabled and disabled again.

MainBar: Fix warning message introduced by bc4b9ccfc78d9d0

"sr: hwdriver: Option 'external_clock' not available for this device instance."
Avoid this message by checking if the EXTERNAL_CLOCK property is actually
supplied by the driver.

DecodeTrace: Implement annotation export for cursor range

Fix regression introduced by 2980ff2da269c9ed

The regression was that when clicking+dragging on a trace in the
trace view area, the individual trace was moving, not the view area
itself. This was unintended.

Segment: Catch by reference

Implement annotation export for all rows

Needed parts are:
1) Annotations must have a reference to the row they belong to
2) DecodeSignal must offer a method to return annotations for all rows
3) Annotations must become comparable to allow for sorting
4) DecodeTrace must handle the different annotation export cases

Make annotation export customizable

Implement annotation export from the DecodeTrace context menu

Rename create_context_menu() to create_header_context_menu()

Allow for a context menu in the view area

Fix #1204 by making sure the lazy event handler is fired

The QTimer reference says about QTimer::start():

> Starts or restarts the timer with the timeout specified in interval.
> If the timer is already running, it will be stopped and restarted.
> If singleShot is true, the timer will be activated only once.

This suggests that the timer is reset when start() is called even
when it is in single shot mode. However, this is actually not the case
and start() doesn't appear to be doing anything if it has already
been started. While this works in most cases, it causes issues when
the timer is supposed to be reset and timeout at the specified time
since view items are still in flux.

Adding a stop() before the start() fixes this.

about: Layout change to use space more efficiently.

about: Merge all version info into one section.

about: move Pulseview version information into the text box

Move the application's version information out of the caption and into
the text box. So that it resides with the libraries' version information,
and is accessible via clipboard for reports.

This addresses part of bug #1213, and fixes all of #1264.

CMakeLists.txt: Set DISABLE_WERROR to TRUE by default.

There's various compile problems that can result from building with
-Werror on by default, which are outside of our control (e.g. that need
to be fixed in external libraries), for example #1144 or 1145.

HardwareDevice: Only show non-empty device name components.

Fields such as vendor, version, serial number etc. are not always
provided by drivers. Avoid printing them, since it causes stray
whitespace to be added to the displayed strings.

HardwareDevice: Make serial number display a bit clearer.

Fix the build - catch exceptions by reference

Fix the following build errors seen with gcc 8.1.1:

 error: catching polymorphic type ‘class std::out_of_range’ by value
 error: catching polymorphic type ‘class boost::archive::archive_exception’ by value

Signed-off-by: Brian Starkey <redacted>

Fix #1146 by replacing the check box by a combo box

Remove non-functional remains of the scale drag handle

Channel popup: Don't disable channels when clicking the enable buttons

View: Don't set scroll defaults more than once

Make sure PD row colors remain constant by adding a row index

Without this change, PD row colors depend on the visible rows,
not a constant ID. This means that rows that collapse change the
colors of all rows coming after them.

Accept user-entered sample rates when external clock is enabled

Properly handle decoder errors

DecodeSignal: Add and use inclusive/exclusive sample count variant

This is needed because the annotation cache must be operating on the
number of decoded samples WITHOUT the ones being currently processed,
otherwise it'll refuse to refresh the cache, even if more annotations
arrive - it uses the sample count to determine the cache state.

However, the bar showing the undecoded area must operate on the number
of samples WITH the ones being currently processed so that annotations
aren't overlapping with it.

Adding the parameter to DecodeSignal::get_decoded_sample_count() allows
for both.

This relates to e06cf18db72.

Connect dialog: Let the device list occupy only the minimum space needed

LogicSignal: Don't paint hover marker if channel is disabled

Fix #975 by overallocating memory to leave spare for PV to use

cmake: help users by pointing out libsigrok build depencendies

It appears that users have trouble to relate failed PulseView builds to
missing dependencies during libsigrok configuration. Although the error
occurs early and is stated in the build output, it only gets noticed
late and users forgot about the earlier step, or never bothered to check.

Explicitly test for the availability of the C++ bindings, and print a
message that points to libsigrok's(!) configuration phase. Another
check for the full set of libraries will fail in fatal ways as before.

An unfortunate implementation detail of the cmake check leaves all parts
of the lookup result empty when either(!) of the tested libs is missing.
So we cannot tell with certainty which test failed when the test result
is negative while a list of libraries was passed to the test. That's why
the "soft" individual test with QUIET and without REQUIRED is the least
intrusive adjustment to existing CMake rules, where other locations
depend on the PKGDEPS_* variables.

This change addresses bug #1199.

cmake: nit, use the message(STATUS) keyword

main.cpp: straighten the getopt/optind adjustment before openfiles

The pulseview(1) application accepts input file specs either as argument
to the -i option, or as positional arguments after the command line options.

Simplify the logic which collects remaining non-option command line words
after getopt(3) is done. As a byproduct the application code no longer
manipulates a variable that is owned by an external library.

analogsignal.cpp: Fix std::isnan() related compile issue on some systems

Re-do for recent source what commit f9abacf20c85 did to solve bug #531.
Explicitly use std::isnan() in checks. Avoid the 'using' directive since
not all platforms that are supported by sigrok do support it.

  pv/views/trace/analogsignal.cpp:54:12: error: 'isnan' is already declared in this scope

Fix comment

Fix up change handler registration

Before, the mismatched registration/deregistration lead to
crashes. Example:

Load file, load another file into the same session,
change any setting -> crash because first change notifier is
called but invalid

Prevent log length to be set to 0

Doing so prevents PV from starting up, so disallow it

AnalogSignal: Display value under cursor

Fix #979 by querying trigger types only once and storing them

Fix #1226 by removing a misplaced trigger marker clear

Disable unit tests by default

The rationale for this change is that except for developers, pretty
much everyone who builds from source does so because they want to
use the latest changes. However, only developers care about the results
of the unit tests, so this doubles the build time for users without
any real benefit.

Even worse, the unit tests are known to fail on several hosts for
reasons that are within the realm of the unit tests themselves, not
because of broken code. This confuses users and even prevents them
from installing PV for no good reason.

Since the unit tests do still run on Jenkins, there's little to no
coverage gap in my opinion.

Fix #770 by adding a vertical hover line and a setting for it

Fix #1040 by allowing multiple files to be loaded from command line

Fix #1166 by using the correct array size

Session: Handle failing sigrok::Device::read_config() calls

device.cpp: Add SR_CONF_EXTERNAL_CLOCK_SOURCE.

device.cpp: Add missing SR_CONF_DATA_SOURCE entry.

Fix #1198 by removing the 1:1 zoom button

Fix #807 by disabling trigger widgets when session is not stopped

Update cursor action's state whenever the cursor state changes

Fix #1212 by not resetting the cursors pointer

Calling cursors_.reset() effectively drops the CursorPair, meaning they
can never be used. Remove that.

Fix #540 by introducing a method to reset the view state

Fix #956 by adding the missing final sample to the range

Fix #1201 by letting more accurate matches replace previous ones

Fix #1182 by only considering enabled channels

Fix #1203 by catching the boost exception thrown on error

Add imported files to the session save/restore mechanism

This commit also makes the file loading more robust by improving
the handling of cases where files can't be loaded.

StoreProgress: Add missing log output

Session: Allow an SR_DF_META packet to override the samplerate

Otherwise, the sample rate determined by the read_config() call
in Session::sample_thread_proc() will be kept even if it's wrong
and the driver wants to submit the correct one.

tracegroup.cpp: Fix a potential unintended integer division.

Reported by Coverity (CID 279773):

  Result is not floating-point (UNINTENDED_INTEGER_DIVISION)
    integer_division: Dividing integer expressions -5 and 2, and then
    converting the integer quotient to type double. Any remainder, or
    fractional part of the quotient, is ignored.

logicsegment.cpp: Constify a few variables.

LogicSegment::pow2_ceil(): Fix potentіal integer overflow.

Reported by Coverity (CID 50925):

  Unintentional integer overflow (OVERFLOW_BEFORE_WIDEN)
    overflow_before_widen: Potentially overflowing expression 1 << power
    with type int (32 bits, signed) is evaluated using 32-bit arithmetic,
    and then used in a context that expects an expression of type
    uint64_t const (64 bits, unsigned).

cursorpair.cpp: Fix a clazy warning (-Wclazy-qstring-arg).

  [...]/pv/views/trace/cursorpair.cpp:174:34: warning: Use multi-arg instead [-Wclazy-qstring-arg]
          return QString("%1 / %2").arg(s1).arg(s2);

decodetrace.cpp: Drop unused "using std::all_of".

Reported by clang-tidy.

logicsegment.cpp: Suggest inlining of pack_sample()/unpack_sample().

These functions were not inlined by default (tested with gcc 7.3.0).
They're in a hot code path, so inlining can help with performance here.

logicsegment.cpp: Add missing config.h #include.

Without this #include, HAVE_UNALIGNED_LITTLE_ENDIAN_ACCESS was not
available and thus the faster path in LogicSegment::unpack_sample() and
LogicSegment::pack_sample() was never used.

DecodeSignal: avoid specifying a zero samplerate to libsigrokdecode

When the sample rate is not known, avoid claiming the value would be
zero and calling setup routines in backend libraries. Although the call
is not strictly fatal, this simple check avoids potential log messages
at callee's for this unexpected condition.

session: apply input format match to interactively loaded files, too

Move the format match logic from load_init_file() to load_file(), so
that it transparently takes effect on each "opened" file. Users still
can choose to "import" files and specify options when required. In the
case of lookup miss, sigrok session is assumed as before.

This fixes the remainder of bug #1015.

session: add support to auto detect input format (for init file)

Extend the Session::load_init_file() method, to have the input format
automatically detected in the absence of an -I spec upon startup.

This fixes part of bug 1015. Input files specified at the command line
when pulseview gets invoked are handled. Files that interactively get
loaded while pulseview is running are not handled yet.

Installer: Add debug shortcut for -l 5

DecodeTrace: Use qreal instead of int for annotation drawing

This is to prevent "blinking" of annotations when they would merge into
blocks and break off of them again, noticeable when zooming in and out
using a track pad or touchscreen.

DecodeTrace: Speed up painting by not copying the annotations

Fix #1149 by handling "d" and "(dd)" types separately

Update property widgets before showing device config popup

DecodeSignal: Prevent out-of-range exception

DecodeSignal: Re-set decoder metadata after stack termination

LogicSegment: Readability changes

Fix bar displaying undecoded area

Issue #1: As decoding happens while the trace is drawn, the
annotations may actually overlap with the bar because the number
of decoded samples is outdated.

Issue #2: The bar is a little too low and off-center.

DecodeTrace: Remove unused members